Một số học giả cho rằng Da Vinci đã giấu các thông điệp tôn giáo hoặc khoa học trong tranh vẽ. Có ý kiến cho rằng hình dạng các nhân vật trong "Bữa ăn tối cuối cùng" có thể tương ứng với các nốt nhạc tạo thành bản nhạc ngầm. Số khác thì tin rằng trong "