Ngựa hoang dã là một trong những loài động vật có cấu trúc di truyền phong phú và đa dạng. Trải qua hàng nghìn năm tiến hóa độc lập với môi trường hoang dã, chúng đã phát triển những đặc điểm di truyền đặc biệt giúp thích nghi với điều kiện khắc nghiệt.