Để trở thành một ninja thực thụ, người học phải trải qua quá trình huấn luyện nghiêm ngặt từ khi còn nhỏ. Họ phải học cách di chuyển không phát ra tiếng động, leo trèo, bơi lội, chạy bền hàng chục cây số mỗi ngày và làm chủ cơ thể trong mọi tình huống.