Trong hệ sinh thái, Sói Hokkaido giữ vai trò quan trọng trong việc kiểm soát số lượng động vật ăn cỏ như nai và thỏ. Việc mất đi loài săn mồi đỉnh cao này dẫn đến mất cân bằng sinh thái, khiến quần thể nai tăng đột biến, gây tổn hại nghiêm trọng đến thả