Một trong những yếu tố đặc biệt trong gameplay của Thợ Săn Chuột 3D chính là việc phát triển kỹ năng cho nhân vật chính. Trong suốt cuộc hành trình, người chơi có thể nâng cấp các kỹ năng của thợ săn chuột, từ việc cải thiện khả năng chiến đấu, sử dụng