Xả thải trực tiếp ra biển, chất dinh dưỡng từ nông nghiệp trôi ra biển, rác thải nhựa, và khai thác hải sản bằng thuốc nổ hay xyanua đều góp phần hủy hoại san hô. Ở nhiều nơi, hoạt động du lịch thiếu kiểm soát như neo đậu tàu thuyền bừa bãi hay lặn biển