Tuy nhiên, trong thực tế, Samurai và Ninja không thường xuyên đối đầu trực tiếp. Những câu chuyện về Ninja và Samurai đối đầu chủ yếu đến từ các tác phẩm văn học và phim ảnh. Trong lịch sử, Ninja thường làm việc cho các lãnh chúa hoặc các Samurai, thực