Một khía cạnh không thể thiếu trong sức mạnh ninja chính là kỹ thuật chiến đấu độc đáo. Họ sử dụng nhiều loại vũ khí như kiếm ngắn (ninjatō), phi tiêu (shuriken), dây thừng, bom khói và nhiều công cụ tự chế khác. Tất cả đều được tối ưu hóa cho mục tiêu