Mặc dù có tiềm năng lớn, nhưng hệ sinh thái Lagoon Vĩ Đại đang chịu nhiều sức ép nghiêm trọng. Việc khai thác quá mức nguồn lợi thủy sản, phát triển nuôi trồng không bền vững, ô nhiễm từ nông nghiệp và sinh hoạt, cũng như lấn chiếm mặt nước làm ao hồ nu