Sự hình thành của chế độ Mạc phủ là minh chứng rõ ràng cho quyền lực ngày càng tăng của tầng lớp samurai. Trong hệ thống này, Thiên hoàng vẫn tồn tại với vai trò biểu tượng, nhưng thực quyền nằm trong tay Tướng quân (Shogun), người đứng đầu tầng lớp võ