Tuy nhiên, ngành nuôi tôm cũng phải đối mặt với không ít khó khăn, như ô nhiễm nguồn nước, dịch bệnh, hay sự biến đổi khí hậu. Việc sử dụng thuốc và hóa chất trong quá trình nuôi nếu không kiểm soát chặt chẽ sẽ gây ô nhiễm môi trường và ảnh hưởng đến sứ