Lagoon vĩ đại là nơi cư trú của nhiều loài sinh vật quý hiếm như cá heo, rùa biển, các loài chim di cư, động vật thân mềm, giáp xác và các loài thực vật thủy sinh. Tại nhiều quốc gia, đây còn là vựa cá quan trọng, nơi sinh sản và ươm giống cho các loài