Tuy nhiên, nổi bật hơn cả là sự nghiệp của John Hunter trong lĩnh vực khảo cổ học, đặc biệt là các chuyến thám hiểm đến Ai Cập. Vào đầu thế kỷ 19, Hunter bắt đầu tìm hiểu về nền văn minh cổ đại này, và với sự kết hợp giữa khoa học khảo cổ và các phương