Châu Phi cũng là nơi có các hệ sinh thái sông ngòi và hồ nước lớn. Sông Nile, dài nhất thế giới, chảy qua nhiều quốc gia, mang lại nguồn nước và sinh kế cho hàng triệu người dân Châu Phi. Hồ Victoria, hồ nước ngọt lớn nhất Châu Phi, là nơi sinh sống của