Lagoon Vĩ Đại là nơi cư trú của nhiều loài sinh vật, bao gồm cả những loài có nguy cơ tuyệt chủng. Hệ sinh thái tại đây đặc biệt phong phú với rừng ngập mặn, cỏ biển, tảo, và rạn san hô. Các loài động vật tiêu biểu gồm có cá, tôm, cua, sò, chim di trú,