Khai thác quá mức các nguồn tài nguyên biển, ô nhiễm từ các hoạt động công nghiệp và nông nghiệp là những nguyên nhân chính khiến Lagoon Vĩ Đại bị suy thoái. Ô nhiễm nước do các hóa chất, chất thải nhựa và phân bón dư thừa đã làm suy giảm chất lượng nướ