Các Ninja cũng được huấn luyện để sử dụng nhiều loại vũ khí khác nhau. Một trong những vũ khí biểu tượng của Ninja là "Shuriken" – những chiếc phi tiêu sắc bén có thể được ném vào đối thủ với tốc độ và độ chính xác cao. Bên cạnh đó, họ còn sử dụng "Kata