Một điểm đặc biệt khác của Kim tự tháp Bonanza là hệ thống các hành lang và phòng kín bên trong. Các nhà khảo cổ học tin rằng đây là một hệ thống phòng ngầm phức tạp, được sử dụng để bảo vệ các báu vật quý giá của các pharaoh và những vật phẩm tôn giáo.