Mặc dù mang màu sắc tâm linh, nhưng một số hiện tượng liên quan đến Hòn Đá Ma Thuật có thể được lý giải bằng khoa học. Ví dụ, hiện tượng “đá di chuyển” ở một số sa mạc khô cằn trên thế giới đã được giải thích bằng các yếu tố tự nhiên như băng tuyết, gió