Biển Đông từng là một trong những khu vực có hệ sinh thái san hô phong phú nhất. Tuy nhiên, trong vài thập kỷ gần đây, hơn 50% rạn san hô đã bị phá hủy do khai thác hải sản bằng thuốc nổ, axit và lưới cào đáy. Ngoài ra, ô nhiễm từ các hoạt động kinh tế