Dù khoan vàng được xem là phương pháp ít gây ảnh hưởng môi trường hơn so với khai thác lộ thiên, nhưng nếu không kiểm soát tốt quy trình khai thác và xử lý chất thải, vẫn có nguy cơ gây ô nhiễm nguồn nước, đất và hệ sinh thái xung quanh khu vực khai thá