Một trong những lo ngại lớn nhất liên quan đến quán ăn đêm là vấn đề an toàn thực phẩm. Vì hoạt động vào giờ khuya, nhiều quán không đảm bảo được điều kiện vệ sinh, bảo quản thực phẩm dẫn đến nguy cơ ảnh hưởng sức khỏe. Ngoài ra, công tác quản lý nhà nư