Cốt truyện của Samurai Trỗi Dậy 4 được xây dựng theo cấu trúc phi tuyến, với nhiều nhánh lựa chọn ảnh hưởng trực tiếp đến cái kết của trò chơi. Người chơi khởi đầu tại tàn tích của thành Azuka sau trận đại chiến tàn khốc. Yukimura – nhân vật chính – sốn