Có giả thuyết cho rằng Leonardo sử dụng tỉ lệ vàng, hình học thiêng liêng và cả nhạc lý để bố trí bố cục tranh. Một số nhà nghiên cứu còn cho rằng trong các tác phẩm này có chứa thông tin về lịch sử bị giấu kín, hoặc những quan điểm riêng của Da Vinci đ