Tuy nhiên, do bắt nguồn từ tư tưởng cổ đại, một số nội dung của Đại Tam Nguyên có thể không còn phù hợp với khoa học hiện đại. Việc mê tín hóa hoặc áp dụng máy móc Tam Nguyên vào các lĩnh vực như y học, chính trị có thể gây tác dụng ngược, cản trở tiến