Một điểm đặc biệt của Mystery Mice chính là sự pha trộn giữa yếu tố thần bí và logic trinh thám. Nhân vật chính – thường là một chú chuột mang khả năng đặc biệt (ví dụ: đọc suy nghĩ, hóa thân, vượt tường) – sẽ bước vào hành trình khám phá một loạt vụ án