Tuy nhiên, như bất kỳ trò chơi nào, Bomb Bonanza cũng không thiếu những thử thách. Độ khó của game sẽ ngày càng tăng khi người chơi tiến vào các cấp độ cao hơn. Những đối thủ AI trở nên thông minh hơn và các tình huống chiến đấu cũng đậm chất chiến thuậ